Em 1986 foi apresentado no Congresso Nacional o projeto de lei que criava a Escola Agrotécnica Federal de Ceres (EAFCe). Em setembro do mesmo ano saiu o edital de concorrência pública para a construção. A maquete do projeto da Escola foi lançada no dia 04 de setembro de 1987, pelos membros da Comissão Pró-Criação da Agrotécnica, integrada por Justiniano Dias Diniz, Romeu Borges Campos, José Aranha da Silva, Joaquim Pedrosa Mundin e Geraldo Magela. Seguiu-se, no dia 29 de outubro de 1988, a assinatura do contrato para a construção da escola, no Plenário da Câmara Municipal de Ceres, com a EBEG-Engenharia, firma vencedora da concorrência pública. Somente no dia 1º de novembro sua construção foi iniciada, com os técnicos garantindo, na época, que sua conclusão se daria no final de 1989, o que não ocorreu. Por mais de três anos a obra ficou paralisada, determinando muito trabalho, muito sacrifício, muita luta de todos os segmentos organizados de Ceres – políticos, empresários, representantes de classes e trabalhadores.
A Escola Agrotécnica Federal de Ceres foi então finalmente criada em 30 de junho de 1993 pela Lei 8.670 e transformada em Autarquia pela Lei 8.731, de 16 de novembro do mesmo ano. Sua inauguração ocorreu em 30 de janeiro de 1994, mas o efetivo ingresso da primeira turma, para o Curso Técnico em Agropecuária Integrado ao Ensino Médio, se deu no dia 06 de março de 1995. Com a reforma na Educação Profissional promovida no ano de 1998, pelo Decreto nº 2.208, a Escola passou a oferecer o curso Técnico em Agropecuária em Concomitância com o Ensino Médio.
Em função de novas demandas apresentadas pela comunidade, em 2001 houve expansão na oferta de cursos, sendo criados Cursos Técnicos em Informática, Agroindústria, Agricultura e Zootecnia e, em 2005, o Curso Técnico em Meio Ambiente, oferecidos em diversas modalidades, ampliando assim, as suas áreas de atuação. Também em 2005, já com novas diretrizes educacionais que propiciavam ofertar, novamente, cursos técnicos integrados ao Ensino Médio, retomou-se o Curso Técnico em Agropecuária Integrado ao Ensino Médio. Em 2006 foi implantado o primeiro Curso Técnico Integrado ao Ensino Médio na modalidade da Educação de Jovens e Adultos – ProEJA, inicialmente na oferta de Agroindústria. Anos depois foi a vez do curso técnico em Manutenção e Suporte em Informática ser lançado nessa modalidade.
A reestruturação da agora Rede Federal de Educação Profissional, Científica e Tecnológica, ocorrida em 2008, transformou a Escola Agrotécnica Federal de Ceres (EAFCe) em Campus do Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia Goiano, conforme a lei 11.892 de 29 de dezembro de 2008. Em 2009 foram criados novos cursos técnicos na modalidade ProEJA – em Administração e Informática –, o curso técnico em Administração e a primeira oferta de curso de graduação da unidade, a Licenciatura em Ciências Biológicas. Em 2010 implantou-se o curso de Agronomia e no ano de 2011 os cursos de Licenciatura em Química e Bacharelado em Zootecnia. Em 2015 foi iniciada a oferta do primeiro programa de pós-graduação Stricto sensu do Campus, o Mestrado profissional em Irrigação no Cerrado. No ano seguinte, 2016, inaugurou-se o mais recente curso superior da unidade, o Bacharelado em Sistemas de Informação.
Por fim, a partir de 2017, o Campus Ceres deu novos passos rumo à oferta de pós-graduações, adicionando a sua base de cursos as especializações em Ensino de Ciências da Natureza e Educação Matemática, em Produção e Utilização de Alimentos para Animais de Interesse Zootécnico e em Formação de Professores e Práticas Educativas. O último curso implantado foi o Mestrado Profissional em Educação Profissional e Tecnológica, ProfEPT, ofertado em rede por diversos Institutos Federais, cujo polo do IF Goiano passou a ser o Campus Ceres desde 2020.
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